Diclonius (người 2 sừng) là những cá thể đột biến được tạo ra bởi con người. Diclonius có khả năng đặc biệt kiểu như giác quan thứ 6. Những kẻ đột biến này sở hữu sức mạnh có thể hủy diệt cả loài người. Lo ngại về sức mạnh của Diclonius, người ta cô lập các Diclonius trong các phòng thí nghiệm để đào tạo. Một Diclonius, Lucy, gây nổ nơi giam giữ, giết người hướng dẫn của mình và trốn thoát. Cô nhảy xuống biển sau khi bị bắn và bị đánh dạt vào một bờ biển. Sau đó, cô gặp Kota và Yuka. Họ gọi cô là Nyu và cho cô sống cùng…